Структура СП ООО «Сахалин-Шельф-Сервис» представлена несколькими подразделениями, которые находятся в разных географических точках, но все имеют единую централизованную систему административного управления в г. Южно-Сахалинске.

Отделы/службы и должностные лица администрации курируют основные виды деятельности по всем проектам предприятия, в которых могут быть задействованы одновременно несколько подразделений.